恒溫恒濕箱在運行時離不開箱體內的控制系統，而試驗箱的控制器運算方式為新模糊的算法與新技術的控制，進行自動調整冷媒流量，有效的帶走被測試品的發熱負載，讓其能夠達到好效果。恒溫恒濕箱的控制系統分為加熱系統與制冷系統的兩大主要控制系統。

　　加熱系統：此系統是采用遠紅外鎳鉻合金高速加溫電熱絲，擁有高/低溫兩個單獨的系統，它的溫度控制是采用P·I·D+S·S·R系統的同頻道協調控制，輸出功率都是由微電腦來進行演算的，為了能夠達到高精度與高效率的用電效益。

　　制冷系統：此系統是為了保證恒溫恒濕箱對降溫速率與低溫度的要求， 本設備的制冷系統是采用進口的壓縮機所組成的復疊式制冷系統，擁有匹配合理、可靠性高、使用維護方便等一些優點。制冷系統的工作原理是利用制冷循環來運行，此循環則是由兩個等溫與兩個絕熱過程的組成。它的設計則是用于能量調節技術，此技術能夠讓制冷系統運行的費用降低到較為經濟的一個狀態。

　　恒溫恒濕箱是種能夠檢測材料在不同環境下所能承受的耐干、耐寒、耐熱與耐濕的性能，因此控制系統的作用大之又大。